KNIME
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* KNIME (Konstanz Information Miner) [#vdeebfde]
//ここには %項目の説明を書いてください.よろしければ署名...
- データ分析用の統合環境.
- ドイツの Konstanz大のバイオ系の部門が開発した.
-「ナイム」と読むらしい
- [[Eclipse>http://www.eclipse.org/]] をベースに作られて...
- GPLv3で配布されている無料で利用できるオープンソースのソ...
- [[拡張プラグイン>http://www.knime.org/downloads/extensi...
- java で本体は書かれているが,拡張プラグインで [[Weka]]...
- [[紹介ビデオ>http://www.knime.org/introduction/screenca...
*** しましまの個人的感想 [#v227be48]
- 交差確認などでは並列処理もできて,マルチコアを活用でき...
- Mac版で割り当てメモリを増やすには,KNIME.app の中の Con...
- [[RapidMiner]]と比べて,拡張性はKNIMEが上で,ヒントやサ...
*** Getting Started [#y2dbe848]
※ Macβ版の2.1.2でやってます
''インストール''
- Windows/Linux/Mac と配布されているので Java 6 が使える...
- 起動したらWorkflowとかを置くための workspace を指定する
- WorkBench の図があるが,真ん中のところのWorkflow Editor...
- 左下が部品の一覧 Node Repository,右上が各ノードの説明 ...
- Getting Started の前に,[[Benchmark Data Sets>http://ww...
''チュートリアル''
- [[Getting Started>http://www.knime.org/documentation/ge...
- 例題は [[k-means法]] で定番の IRIS データをクラスタリング
- 左下の部品置き場からアイコンを持ってきて,2番目の図みた...
-- 検索窓で名前を入力すると検索できる.検索による絞り込み...
- アイコンの下の三つの点は重要:赤は実行不能,黄色は実行...
- アイコンの三角とか四角の出っ張りは入出力を表す.何が出...
- 最初は File Reader の設定.右クリックしてConfigureする
-- 上の方の Browse... を選んで,さっきダウンロードした Be...
-- File Reader が黄色状態になって実行可能になる.
-- この状態で右クリックで Execute を押すと実行される
- Color Manager は特定の属性値と色を結びつける
-- アイコンの下に注意マークが出てたら,まだ入力データが確...
-- k-Means まで実行を終えてから,Color Manager を Configu...
--- 属性 Cluster に,三つの値があるので,適当に色を選んで...
- 全ノードを選んでまとめてExecuteして,全ノードを緑の実行...
- Scatter Plot と Interactive Table でそれぞれ viewなんと...
-- Color Manager で選んだ色で色分けされている
- Scatter Plot で何個か点を選んで,メニューから HiLite se...
-- 選択状態が,Interactive Table の方に反映されて,どのデ...
*** Examples [#zaae8a29]
本体・プラグインのアップデート
- [[KNIME Update Site>http://www.knime.org/downloads/upda...
- Help > Check for Updates がMac版はだめだった.β版だから...
-- Preferences に Install/Update があるが,URLの追加方法...
Example の読み込み
- [[Examples>http://www.knime.org/introduction/examples]]...
- File > Import KNIME workflow を使って,展開したフォルダ...
- workflow をインポートできたら,左上のWorkflow Projects ...
learn decision tree
- File Reader から Benchmark Data Sets の iris/data.all ...
- File Reader を実行後,Color Manager の Select Column で...
- Partitioning では訓練・テスト用にデータを分ける
-- 各クラスからサンプリングされるように,Stratified sampl...
- Decision Tree Learner は,Class column に Col4 を設定
- Scorer は First Column が正解の Col4,Second Column に...
- 全部,黄色か緑になったはずなので,全部選んで実行
- Scorer を view すると,テスト集合に対する confusion mat...
cross validation
- File Reader でやはり iris/data.all を指定
- Cross Validation では,右クリックで Open Subworkflow Ed...
-- 交差確認の分割をする X-Partitioner では,Straified sam...
-- Naive Bayes Learner は適当にConfigure
-- X-aggregator は Target Column を Col4 に,Prediction c...
- Cross Validation を実行すると,交差確認で単純ベイズが実...
-- 一度変更してから,2回目以降に実行しようとするとエラー...
-- subworkflow を開いたまま,全ノードを選んで実行すると,...
- 結果が見えないので,適当に Scorer とか,Scatter Plot と...
R example
- File Reader に iris/data.all を指定
- Rename で Col4 の列の名前を class に書き換えておく(代...
- 上から,R を使って決定木,共分散の計算,プロットを行っ...
- R learner は rpart (Recursive Partitioning and Regressi...
-- スクリプト中の class は列の名前なので,左の変数から選...
- R Snippet は cov とかになっているが mean とかにも変えら...
-- 結果は出てこないので,Interactive Table とかを繋いで見る
- R View は Configure で View type をいろいろ変えられる
** 関連項目 [#s03c8790]
//英語や同義語のあとに,#brで区切って関連する項目をリスト...
-[[Freeware]]
-[[Weka]]
-[[R]]
#br
-[[検索:KNIME]]
** リンク集 [#i07a7f61]
//関連するWWW資源があればリンクしてください.
-[[KNIME (Konstanz Information Miner)>http://www.knime.or...
-[[KNIME.com>http://www.knime.com/]]:KNIMEの有料サポート
-[[統合DB情報基盤サイト @ 産総研CBRC>http://togo.cbrc.jp/...
-[[バイオインフォマティクスって何ですか?>http://d.hatena...
#br
-[[GoogleScholar:KNIME]]:Google Scholar での検索
** 関連文献 [#i3aa7e74]
//この%項目%に関連する書籍や論文を紹介してください.
-基本文献~
M.R.Berthold et al. "KNIME: The Konstanz Information Mine...
[[GoogleScholarAll:KNIME: The Konstanz Information Miner]]
終了行:
* KNIME (Konstanz Information Miner) [#vdeebfde]
//ここには %項目の説明を書いてください.よろしければ署名...
- データ分析用の統合環境.
- ドイツの Konstanz大のバイオ系の部門が開発した.
-「ナイム」と読むらしい
- [[Eclipse>http://www.eclipse.org/]] をベースに作られて...
- GPLv3で配布されている無料で利用できるオープンソースのソ...
- [[拡張プラグイン>http://www.knime.org/downloads/extensi...
- java で本体は書かれているが,拡張プラグインで [[Weka]]...
- [[紹介ビデオ>http://www.knime.org/introduction/screenca...
*** しましまの個人的感想 [#v227be48]
- 交差確認などでは並列処理もできて,マルチコアを活用でき...
- Mac版で割り当てメモリを増やすには,KNIME.app の中の Con...
- [[RapidMiner]]と比べて,拡張性はKNIMEが上で,ヒントやサ...
*** Getting Started [#y2dbe848]
※ Macβ版の2.1.2でやってます
''インストール''
- Windows/Linux/Mac と配布されているので Java 6 が使える...
- 起動したらWorkflowとかを置くための workspace を指定する
- WorkBench の図があるが,真ん中のところのWorkflow Editor...
- 左下が部品の一覧 Node Repository,右上が各ノードの説明 ...
- Getting Started の前に,[[Benchmark Data Sets>http://ww...
''チュートリアル''
- [[Getting Started>http://www.knime.org/documentation/ge...
- 例題は [[k-means法]] で定番の IRIS データをクラスタリング
- 左下の部品置き場からアイコンを持ってきて,2番目の図みた...
-- 検索窓で名前を入力すると検索できる.検索による絞り込み...
- アイコンの下の三つの点は重要:赤は実行不能,黄色は実行...
- アイコンの三角とか四角の出っ張りは入出力を表す.何が出...
- 最初は File Reader の設定.右クリックしてConfigureする
-- 上の方の Browse... を選んで,さっきダウンロードした Be...
-- File Reader が黄色状態になって実行可能になる.
-- この状態で右クリックで Execute を押すと実行される
- Color Manager は特定の属性値と色を結びつける
-- アイコンの下に注意マークが出てたら,まだ入力データが確...
-- k-Means まで実行を終えてから,Color Manager を Configu...
--- 属性 Cluster に,三つの値があるので,適当に色を選んで...
- 全ノードを選んでまとめてExecuteして,全ノードを緑の実行...
- Scatter Plot と Interactive Table でそれぞれ viewなんと...
-- Color Manager で選んだ色で色分けされている
- Scatter Plot で何個か点を選んで,メニューから HiLite se...
-- 選択状態が,Interactive Table の方に反映されて,どのデ...
*** Examples [#zaae8a29]
本体・プラグインのアップデート
- [[KNIME Update Site>http://www.knime.org/downloads/upda...
- Help > Check for Updates がMac版はだめだった.β版だから...
-- Preferences に Install/Update があるが,URLの追加方法...
Example の読み込み
- [[Examples>http://www.knime.org/introduction/examples]]...
- File > Import KNIME workflow を使って,展開したフォルダ...
- workflow をインポートできたら,左上のWorkflow Projects ...
learn decision tree
- File Reader から Benchmark Data Sets の iris/data.all ...
- File Reader を実行後,Color Manager の Select Column で...
- Partitioning では訓練・テスト用にデータを分ける
-- 各クラスからサンプリングされるように,Stratified sampl...
- Decision Tree Learner は,Class column に Col4 を設定
- Scorer は First Column が正解の Col4,Second Column に...
- 全部,黄色か緑になったはずなので,全部選んで実行
- Scorer を view すると,テスト集合に対する confusion mat...
cross validation
- File Reader でやはり iris/data.all を指定
- Cross Validation では,右クリックで Open Subworkflow Ed...
-- 交差確認の分割をする X-Partitioner では,Straified sam...
-- Naive Bayes Learner は適当にConfigure
-- X-aggregator は Target Column を Col4 に,Prediction c...
- Cross Validation を実行すると,交差確認で単純ベイズが実...
-- 一度変更してから,2回目以降に実行しようとするとエラー...
-- subworkflow を開いたまま,全ノードを選んで実行すると,...
- 結果が見えないので,適当に Scorer とか,Scatter Plot と...
R example
- File Reader に iris/data.all を指定
- Rename で Col4 の列の名前を class に書き換えておく(代...
- 上から,R を使って決定木,共分散の計算,プロットを行っ...
- R learner は rpart (Recursive Partitioning and Regressi...
-- スクリプト中の class は列の名前なので,左の変数から選...
- R Snippet は cov とかになっているが mean とかにも変えら...
-- 結果は出てこないので,Interactive Table とかを繋いで見る
- R View は Configure で View type をいろいろ変えられる
** 関連項目 [#s03c8790]
//英語や同義語のあとに,#brで区切って関連する項目をリスト...
-[[Freeware]]
-[[Weka]]
-[[R]]
#br
-[[検索:KNIME]]
** リンク集 [#i07a7f61]
//関連するWWW資源があればリンクしてください.
-[[KNIME (Konstanz Information Miner)>http://www.knime.or...
-[[KNIME.com>http://www.knime.com/]]:KNIMEの有料サポート
-[[統合DB情報基盤サイト @ 産総研CBRC>http://togo.cbrc.jp/...
-[[バイオインフォマティクスって何ですか?>http://d.hatena...
#br
-[[GoogleScholar:KNIME]]:Google Scholar での検索
** 関連文献 [#i3aa7e74]
//この%項目%に関連する書籍や論文を紹介してください.
-基本文献~
M.R.Berthold et al. "KNIME: The Konstanz Information Mine...
[[GoogleScholarAll:KNIME: The Konstanz Information Miner]]
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